Από το 1938 που ιδρύθηκε το 6ο Σύστημα Ναυτοπροσκόπων μέχρι σήμερα, έχουν διατελέσει στα καθήκοντα του Αρχηγού Συστήματος οι εξής:
| Πυλαρινός Δημήτριος | 1938 – |
| Τζιτζινίκας Πάτροκλος | |
| Αγγελίδης Νικόλαος | 1945 – |
| Χαρδαλιάς Νικόλαος | |
| Γεωργιάδης Χρήστος | |
| Μήτρου Πέτρος | |
| Τσώχος Νικόλαος | |
| Μήτρου Κωνσταντίνος | |
| Πυλαρινός Αναστάσιος | Οκτ. 1965 – |
| Τερζόπουλος Ανδρέας | – Σεπτ. 1966 |
| Τσαπικίδης Βύρων | Σεπτ. 1966 – 1975 |
| Χρηστάρας Βασίλειος | 1975 – Αύγ. 1976 |
| Βλαχόπουλος Γεώργιος | Αύγ. 1976 – Αύγ. 1977 |
| Ζαχαριάδης Διογένης | |
| Γαβριηλίδης Λουκάς | |
| Μπαρμπακυριάκος Αντώνιος | Αύγ. 1981 – Αύγ. 1983 |
| Κουκουβίτης Γεώργιος | |
| Μπανάβας Μάρκος | |
| Μήτρου Μιχαήλ | 1983 – Απρ. 1986 |
| Χαμπερόπουλος Δημήτριος | Απρ. 1986 – Ιούλ. 1986 |
| Καραμανίδης Χρήστος | Ιούλ. 1986 – Απρ. 1988, Ιαν. 1989 – Αύγ. 1989 |
| Γιαννούδης Χρήστος | Απρ. 1988 – Αύγ. 1988 |
| Μελετίου Επαμεινώντας | Αύγ. 1988 – Ιαν. 1989 |
| Καραμανίδης Αλέξανδρος | Αύγ. 1989 – Αύγ. 1991 |
| Πολυχρονιάδης Γεώργιος | Αύγ. 1991 – Αύγ. 1993 |
| Τσικούρας Πέτρος | Αύγ. 1993 – Ιαν. 1996 |
| Τσανακτσίδης Θεόδωρος | Ιαν. 1996 – Απρ. 1997 |
| Κατσαμπέκης Ελπιδοφόρος | Απρ. 1997 – Αύγ. 1999 |
| Τσικούρας Θωμάς | Αύγ. 1999 – Φεβ. 2000 |
| Λασκαρίδης Χαράλαμπος | Φεβ. 2000 – Αύγ. 2001 |
| Μαργαρίτης Γεώργιος | Σεπτ. 2001 – Αύγ. 2004 |
| Πολυχρονιάδης Γεώργιος | Σεπτ. 2004 – Αύγ. 2007 |
| Γεράκης Βασίλειος | Σεπτ. 2007 – Αύγ. 2010 |
| Γεωργακάκης Κωνσταντίνος | Σεπτ. 2010 – Αύγ. 2012 |
| Γεωργακάκης Ευστάθιος | Σεπτ. 2012 – Αύγ. 2015 |
| Γεωργακάκη Μαρία | Αύγ. 2015 – Αύγ. 2016 |
| Κουιτζόγλου Δομνίκη | Αύγ. 2016 – Σεπτ. 2018 |
| Μήτρου Κέλλη | Σεπτ. 2018 – Σεπτ. 2021 |
| Τεζαψίδης Δημήτρης | Σεπτ. 2021 – Σεπτ. 2022 |
| Τρέμμα Λουκία | Σεπτ. 2022 – Σήμερα |